Si bien la función de ambos sistemas innato y adaptativo es la de protegernos contra organismos invasores, estos difieren en ciertos aspectos. El sistema inmune adaptativo requiere tiempo para reaccionar a un organismo invasor, mientras que el sistema inmune innato incluye defensas que, en su mayor parte, se encuentran presentes constitutivamente y listas para ser movilizadas durante la infección. Segundo, el sistema inmune adaptativo es específico para el antígeno y reacciona solo con el organismo que indujo la respuesta. En contraste, el sistema innato no es específico del antígeno y reacciona igualmente bien contra una variedad de organismos. Finalmente, el sistema inmune adaptativo posee memoria inmunológica. Es decir, “recuerda” que previamente se ha encontrado con un agente invasor y reacciona más rápidamente a la exposición subsecuente con el mismo organismo. En contraste, el sistema inmune innato no tiene memoria inmunológica.
La principal función del sistema inmune el la discriminación de lo propio/no propio. Esta habilidad para distinguir lo propio de lo no propio es necesaria para proteger al organismo de invasores patógenos y para eliminar células propias modificadas o alteradas (vg. células malignas). Ya que los patógenos se pueden replicar intracelularmente (virus y algunas bacterias y parásitos) o extracelularmente (la mayoría de las bacterias, hongos y parásitos), los diferentes componentes del sistema inmune han tenido que evolucionar para protegernos de estos diferentes tipos de patógenos. Es importante recordar que la infección con un organismo no necesariamente significa enfermedad, ya que en la mayoría de los casos el sistema inmune es capaz de eliminar la infección antes de que ocurra la enfermedad. La enfermedad se presenta solo cuando el tamaño de la infección es alto, cuando la virulencia del organismo invasor es grande o cuando la inmunidad está comprometida. Aunque el sistema inmune, en su mayor parte, tiene efectos benéficos, puede haber efectos nocivos también. Durante la inflamación, producida en respuesta a un organismo invasor, puede haber irritación local y daños colaterales a los tejidos sanos como resultado de los productos tóxicos producidos por la respuesta inmune. Además, en algunos casos la misma respuesta puede dirigirse hacia los tejidos propios resultando en una enfermedad autoinmune.
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